Вначале стоит заметить, что робот индексирует только 1-ый, 2-ой и 3-ий уровни вложенности (УВ). Если страницы вашего сайта находятся дальше двух кликов от главной, то они проиндексированы не будут.
Возможные следующие причины НЕиндексации страниц 2-го и 3-го уровня.
Некорректно размещен код системы. См. раздел Проверка корректного размещения кода.
Теги BODY и(или) HTML открываются и(или) закрываются несколько раз.
Превышено время ожидания ответа от Вашего сервера. Возможно, проблемы на Вашем хостинге.
Некорректная структура сайта - например, большие количества внутренних ссылок с одной страницы. У робота-индексатора есть ограничение по количеству внутренних ссылок, по которым он переходит вглубь сайта. Для главной - 500, для 2-го уровня - 150.
Страницы закрыты в robots.txt.
Страницы закрыты от индексации в метатегах.
Код системы расположен в неиндексируемой зоне документа ( в блоках <noindex>, <script> или комментариях). Убедитесь, что страницы проиндексированы ПС Яндекс, иначе сайт не пройдет модерацию.
Сайт работает на специфической CMS, поэтому робот не может его корректно проиндексировать.
Рекомендации
Попробуйте сделать карту сайта и поставить на неё ссылку с главной.
Как показывает практика, наиболее частые ситуации № 2, 3 и 6 (многие вебмастера случайно где-то забывают закрыть тег <noindex>.
Ситуация №7 встречается крайне редко.
Если вы все проверили и не обнаружили ошибки и по-прежнему не понимаете почему робот не индексирует страницы вашего сайта приведите пример страницы, на которой расположен код и которую робот не добавляет в систему. НЕ НУЖНО приводить более 1-2 примеров.